In der AGS/KGS sind die Hauptschule, die Realschule und das Gymnasium pädagogisch und organisatorisch in einer Schule verbunden. Es kann in den Klassen 5 und 6 mit der Promotions- und Orientierungsstufe beginnen. Durch Beschluss der Schulkonferenz kann in einigen Bundesländern die Förder- oder Orientierungsstufe durch eine schultypbezogene Organisation der 5. und 6. Klasse ersetzt oder ergänzt werden. Die Schultypen sind als eigene Schulzweige aufgeführt, die die Durchlässigkeit der Bildungswege durch Kooperationen sicherstellen. Bei Bedarf können einige Schüler am Unterricht in anderen Schulzweigen teilnehmen. Wenn es sich bei den Bildungszweigen um einzelne Klassen handelt und die Wahrscheinlichkeit besteht, dass die für die Klassenbildung während der Dauer der Schulzeit ihrer Schüler geltende Mindestzahl unterschritten wird, wird in der Regel eine branchenübergreifende Ausbildung mit Differenzierung nach dem Grad angeboten.
Das AGS/KGS dient durch das Zusammenspiel seiner Zweige dem Ziel, die Talent- und Leistungsorientierung der Schüler bei der individuellen Festlegung von Bildungswegen zu entwickeln. Allen Schülern werden gemeinsame Lernerfahrungen vermittelt, die über die Fachgebiete, Bildungsziele und Anforderungen der Bildungsprogramme hinausgehen. Die Durchlässigkeit zwischen den Bildungsprogrammen wird durch Lehr- und Bildungsarbeit in den Schulfilialen, im
schulübergreifenden Unterricht und bei der Gestaltung des gemeinsamen Schullebens gefördert. In Konferenzen koordinieren die Lehrer die Lehr- und Bildungsarbeit in den Schulfilialen. Dies gilt nicht nur für die Gestaltung des gesamten Schullebens, sondern auch für Lehr- und Lernmaterialien und die Standards zur Leistungsmessung und -bewertung.
Besonders im schulübergreifenden Unterricht werden die individuellen Fähigkeiten und Talente der Schüler durch Formen der inneren Differenzierung entwickelt. Insbesondere die Noten für Transferentscheidungen und Qualifikationen beziehen sich auf die Zugehörigkeit zum Studiengang. Für die Schulzweige der AGS/KGS gelten die Transfer- und Abschlussregelungen wie für die Hauptschule (A Hauptschule ist eine Sekundarschule in Deutschland und Österreich, beginnend nach vier Jahren Grundschulzeit, die eine Sekundarstufe I nach der Internationalen Standardklassifikation des Bildungswesens anbietet), die Realschule (Realschule ist eine Art Sekundarschule in Deutschland, Schweiz, Liechtenstein und Estland) und das Gymnasium.